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提高cDNA长度与产量的5个核心技巧

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2026-08-11

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做反转录(RT-PCR)时,最令人沮丧的莫过于:明明提的RNA质量很好,跑胶也看到清晰的条带,但做出来的cDNA要么浓度极低,要么全长基因永远扩不出来。

其实,cDNA的长度和产量,并不只取决于RNA质量,更多取决于你对反转录酶“脾气”的拿捏。以下是经过实战检验的5个技巧,帮你把cDNA的“质”和“量”都拉满。

1. RNA的二级结构是长cDNA的头号天敌

想要获得长片段(>5 kb)cDNA,最大的障碍不是酶,而是RNA自身的高级结构。

技巧:在加入反转录酶之前,将RNA和引物(Oligo dT或随机引物)单独混合,65℃加热5分钟,然后立即冰浴2分钟。这一步能彻底打开RNA的二级结构,让引物有足够空间结合。

误区:千万不要把RNA和引物直接扔进含酶的反应体系里一起热变性——酶在高温下会失活。

2.引物选择:不是所有引物都为了“全长”

不同的实验目的,必须选不同的引物,否则长度和产量不可兼得。

推荐策略:如果要长度又要产量,使用Oligo d(T)

3.逆转录酶:选对“长跑冠军”——这是最关键的一步

不是所有逆转录酶都能跑马拉松。选酶的第一原则:看目标片段长度。

为什么普通酶“跑不远”?普通逆转录酶(如野生型M-MLV)自带RNase H活性,这个活性在合成cDNA的过程中会切割RNA-DNA杂交链中的RNA部分。如果是短片段(<1 kb),影响不大;但如果要合成5 kb以上的长片段,RNase H会在酶还没到达5'端时就把RNA模板“剪断”了——结果是:短片段cDNA产量很高,但长片段几乎扩不出来。

4.温度程序:别再用“一步法”了

绝大多数说明书默认的“42℃ 60分钟”是一个妥协值,不是最优值。

优化技巧:对于长片段cDNA,采用两步法——25℃孵育10分钟(让随机引物充分退火),然后升温至50-55℃进行反转录(视酶种而定,高温下RNA二级结构打开,酶不容易“掉链子”)。

5.控制RNA起始量:并非越多越好

这是一个反直觉的点。很多同学为了提高cDNA产量,拼命加RNA(比如加到5 μg)。

问题:过量的RNA会抑制酶的活性(摩尔比失衡),且会带入更多杂质(如残留的胍盐、乙醇),反而导致反转录效率下降。

建议:对于20 μL反应体系,建议总RNA投入量控制在1-2.5 μg。

好物推荐:翌圣生物11149ES逆转录试剂盒

  

对于需要兼顾速度、产量和片段长度的实验,翌圣生物的Hifair® AdvanceFast 1st Strand cDNA Synthesis Kit(Cat# 11149ES)是一个值得关注的选择。

核心特点

①最长可合成14 kb的cDNA片段

基于改造后的Hifair系列逆转录酶,该酶在M-MLV基础上进行了工程化改造,缺失了RNase H活性,大幅提高了延伸能力,最长可合成19.8 kb的cDNA。对于11149这一快速版本,其最长合成能力也达到了14 kb,完全覆盖绝大多数全长基因克隆的需求。

 

图. 以293T细胞总RNA为模板,使用11149ES进行反转录,将得到的cDNA进行PCR检测。结果显示,11149ES能够满足合成1 kb-14 kb长度的cDNA, 后续PCR有一定的试用场景。若需要直接反转出10kb以上的片段,建议延长反转录时间至20-30分钟,以保证最终片段的获取。

 

②极速反转录:最快5-6分钟完成

11149ES属于“快速版”试剂盒,反转录总时长最快可低于6分钟。对于日常qPCR检测,这一速度可以大幅缩短实验周期。

 

③配置灵活:引物独立分装

与预混液版本不同,11149ES的Oligo d(T)18和随机引物是单独成管的。这意味着你可以根据实验需求自由选择引物类型,甚至可以搭配自己设计合成的特异性引物(GSP),用于miRNA等特殊RNA的反转录。

 

④自带基因组DNA去除

试剂盒包含5× gDNA Digester Mix,可在反转录前高效去除RNA模板中残留的基因组DNA,避免后续qPCR或测序数据中掺入假阳性信号。

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