尘封石蜡样本重焕生机｜FFPE RNA 高效提取方案
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2026-09-09
过去两年，RNA 检测在肿瘤分子病理领域的身份变了。
2025 年，中华医学会病理学分会与国家临床病理质控中心联合发布《实体瘤常见驱动基因 DNA 和 RNA 高通量测序共检专家共识（2025版）》；
此前，《基于 RNA-based NGS 检测非小细胞肺癌融合基因临床实践中国专家共识》作为全球首部该领域共识落地，英文版于 2026 年初发表于 Chinese Medical Journal；NCCN 非小细胞肺癌指南 2026.V3 也明确写入了 RNA-based NGS 的推荐意见。
风向很清楚了：RNA 检测正在从“可选”走向“必选”。
但共识写在纸上，样本还躺在蜡块柜里。当检测端已经准备好，提取端跟上了吗？
一、指南为什么集体转向 RNA
共识给出的是一个很实在的理由：DNA 层面查融合基因，漏检和误判都比想象中多。
▍ DNA 检测融合基因的三个局限
▸长内含子覆盖不足。 ROS1、NTRK 等基因的内含子可达数百 kb，探针难以完整覆盖，断点容易落在捕获区之外
▸重复序列干扰生信。 ALK 基因断点区的 LINE 元件会让比对变得不可靠
▸不表达的重排没有临床意义。 部分 DNA 层面的重排并不产生功能性转录本，共识给出的假阳性率是 15%~20%
▍ RNA-NGS 换了个问法
它不猜断点的位置，直接读转录本序列——有没有融合、融合有没有表达，一眼可判。共识给出的性能数据：
也就是说，同样一批患者，加做 RNA 检测能多找出一成以上的可用靶点。对一个晚期非小细胞肺癌患者来说，这一成可能就是一次治疗机会。
NCCN 指南的表述更直接：对于驱动基因检测为阴性的患者（尤其是非吸烟者），建议考虑采用 RNA-based NGS，以最大程度发现融合基因突变。
二、理想与现实的落差，卡在样本这一关
RNA 检测的价值没人否认，真正卡住落地的是样本。临床最常见的 FFPE 样本，给 RNA 提取出了三道难题。
▸第一，高度降解。福尔马林固定会造成 RNA 片段化，同时引入蛋白-核酸交联。片段太短，文库构建成功率直接往下掉。
▸第二，样本珍稀。穿刺样本或小手术样本往往只有寥寥数片切片，既要满足病理诊断，又要支撑 DNA 和 RNA 双重检测，切片数捉襟见肘。
▸第三，操作复杂。传统手动流程包含脱蜡、裂解、解交联、纯化等多个步骤，耗时长，开盖次数多，交叉污染和 RNase 降解的风险都随之上升。
这三道难题最终会收敛到一个数字上：DV200。
三、DV200：绕不开的那道门槛
FFPE RNA 不能用 RIN 评价，因为它天然是碎的——RIN 算出来必然低，但这个“低”没有信息量。行业通用的替代指标是 DV200，即长度大于 200 nt 的 RNA 片段在总 RNA 中的占比。
一项发表于 BMC Genomics 的研究对 1,859 例乳腺癌 FFPE 样本完成了 DNA/RNA 双提取，结果是：
▸RNA 中位产量 1,786 ng
▸RNA 的 DV200 中位数：33.2
▸DNA 的 DIN 中位数 3.8
另有研究指出，现实世界中约 50% 的 FFPE 样本 DV200 低于 40%。
33.2% 这个数字意味着什么？一半的 FFPE 样本，RNA 质量刚过 30% 的建库线。想做空间转录组——门槛 45% 甚至 50%——这两类样本里有相当一部分根本进不去。
所以 FFPE RNA 提取的真实目标，从来不是“提得出”，而是“提得够好”。
翌圣生物FFPE RNA提取试剂盒 MolPure® Mag FFPE RNA Kit（Cat#18589ES）
专为福尔马林固定石蜡包埋组织样本的 RNA 分离纯化设计，采用独特的脱蜡裂解体系与磁珠纯化技术，有效释放并回收 FFPE 样本中的 RNA，产物可用于 RNA 文库构建、RT-PCR 等下游应用。
▍ 四大特点
▸高效脱蜡——采用无毒脱蜡液，安全高效去除石蜡，无需二甲苯
▸RNA完整回收——优化的裂解体系，温和破壁，并强效抑制RNA酶，RNA完整性好，回收率高
▸纯度高——磁珠法纯化，有效去除蛋白质等杂质
▸兼容自动化——配合核酸提取仪使用，可实现高通量提取
▍ 实测数据
采用 18589ES 对 2 份 FFPE 蜡卷样本进行 RNA 提取，Qubit 与 Nanodrop 双平台检测浓度与纯度，并评估 DV200：
▍ 结果分析
核酸定量结果显示，Qubit 与 Nanodrop 检测数值相当，反映样本 DNA 杂质干扰少、纯度理想；DV200 占比高于 70%，进一步证明本次提取的 DNA 片段完整性水平高，可满足后续实验要求。
产品推荐
配套方案
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项目 |
治疗前 |
治疗中 |
治疗后 |
复查 |
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阶段目标 |
辅助诊断/ |
用药指导 |
MRD |
MRD |
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样本类型 |
FFPE和全血、胸腹水、新鲜冰冻组织 |
血浆 |
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检测指标 |
突变、融合、插入缺失、MSI、TMB、HRD、HRR |
突变、融合、插入缺失、MSI、TMB、HRD、HRR、甲基化 |
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常用检测方法 |
核酸提取+DNA建库/RNA建库+靶向捕获+测序 |
1、核酸提取+DNA建库/RNA建库+靶向捕获+测序 |
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核酸提取 |
FFPE DNA 18375ES |
血浆 18382ES |
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DNA建库 |
血浆cfDNA 12927ES |
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RNA建库 |
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甲基化建库 |
— |
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杂交捕获 |
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参考文献
[1] Ondracek R P, Chen J, Marosy B, et al. Results and lessons from dual extraction of DNA and RNA from formalin-fixed paraffin-embedded breast tumor tissues for a large Cancer epidemiologic study[J]. BMC Genomics, 2022, 23: 614. DOI:10.1186/s12864-022-08837-6.
