上新 | Endonuclease III (Nth)，破解氧化嘧啶损伤检测难题，彗星实验结果更稳

2026-09-07

氧化应激诱导产生的 DNA 碱基损伤，广泛见于衰老、肿瘤、神经退行性疾病、环境毒理以及药物遗传毒性评价研究。氧化嘧啶损伤（胸腺嘧啶乙二醇、5,6-二羟基胸腺嘧啶等）是细胞内高频发生的 DNA 损伤类型，也是 BER 碱基切除修复通路的关键研究底物。

碱性彗星实验是 DNA 损伤检测的主流手段，但在针对氧化嘧啶损伤开展研究时，仍存在诸多已被文献报道的方法学固有局限：

常规碱性彗星仅检出总 DNA 损伤，无法区分氧化嘧啶、氧化嘌呤与物理 DNA 断裂，氧化嘧啶损伤易被掩盖，不能解析损伤亚型。[1]

氧化嘧啶损伤本身不会产生 DNA 切口，必须依靠特异性 DNA 糖基化酶完成损伤-信号转化，若无该类工具酶则无法实现体外定量检测。[2]

针对上述研究难点，翌圣生物特推出 Endonuclease III (Nth)（Cat#14275ES），作为特异性识别氧化嘧啶的双功能 DNA 糖基化酶，是氧化嘧啶损伤体外研究的核心工具酶。该酶兼具以下两种活性：

N-糖基化酶活性：识别并切除双链 DNA 中受损的嘧啶碱基，产生脱嘧啶（AP）位点；

AP-裂解酶活性：在 AP 位点的 3′ 端进行切割，生成带有 5′ 磷酸基团和 3′ 开环糖的切口。[3]

Endonuclease III (Nth) 可特异性识别并切除多种氧化性嘧啶损伤产物，包括但不限于：尿素、5,6-二羟基胸腺嘧啶、胸腺嘧啶乙二醇、5-羟基-5-甲基乙内酰脲、尿嘧啶乙二醇、6-羟基-5,6-二羟基胸腺嘧啶及甲基羟丙二酰脲。

图1. Endonuclease III (Nth) 工作原理示意图

核心应用场景

基于上述特性，Endonuclease III (Nth) 可广泛应用于以下应用场景：

酶修饰单细胞凝胶电泳（彗星实验）

行业主流的氧化嘧啶损伤特异性检测方案。凝胶裂解后的细胞样本经过 Endonuclease III (Nth) 孵育，特异性将氧化嘧啶损伤转化 DNA 切口，碱性电泳实现单细胞水平氧化嘧啶损伤定量。可用于人群氧化应激监测、药物遗传毒性评价、抗氧化活性物质筛选、纳米 / 环境污染物毒理评估；常与 Fpg 配对使用，分别解析嘧啶、嘌呤类氧化碱基损伤。[1]

碱洗脱实验

利用 Endonuclease III (Nth) 在氧化嘧啶位点制造 DNA 切口，通过 DNA 滤膜洗脱速率实现基因组损伤定量，多用于化合物体外 DNA 损伤筛选、毒理机制探究。[4]

碱解旋实验

依靠 Endonuclease III (Nth) 引入 DNA 切口，根据碱性环境下 DNA 双链解旋程度评估损伤水平，适合大样本高通量初筛。[4]

BER 通路体外重构与细胞修复能力评估

作为碱基切除修复通路起始关键酶，可在体外重构 BER 修复反应；结合彗星法测定细胞、组织提取物对氧化损伤 DNA 的修复切口活性，评估内源碱基切除修复能力，支撑衰老、神经退行性疾病相关机制研究。[5]

翌圣 Endonuclease III (Nth)

（Cat#14275ES）数据展示

高效切割受损碱基，媲美进口品牌

图2. 翌圣 Endonuclease III (Nth) 切割活性验证

注：在20 μL 反应体系中加入20 pmol 含单个 AP 位点的DNA底物，于37℃反应30 min 后，经蛋白酶 K 于50℃处理5 min，使用15% TBE-尿素变性聚丙烯酰胺凝胶（TBE-Urea PAGE）检测。

核酸外切酶和非特异性核酸酶残留低

图3. 翌圣 Endonuclease III (Nth) 核酸外切酶和非特异性核酸酶残留检测结果

注：经琼脂糖凝胶电泳检测，三批次 Endonuclease III (Nth) 与核酸底物共同孵育后，电泳条带清晰、单一，未见降解或拖尾现象。

产品推荐

Endonuclease III (Nth)14275ES

特性：识别并切除双链 DNA 中受损的嘧啶碱基，产生 AP 位点，在 AP 位点的 3′ 端进行切割，生成带有 5′ 磷酸基团和 3′ 开环糖的切口

典型应用：单细胞凝胶电泳（彗星实验）、酶切损伤 DNA 的碱洗脱法、酶切 DNA 双螺旋的碱解旋实验

系列产品推荐，适配全场景实验需求

为满足不同实验场景下的核酸内切酶需求，翌圣生物提供完整的核酸内切酶产品矩阵，适配核酸提取、分子克隆、mRNA 药物、核酸损伤研究等多元应用，一站式解决科研痛点。

产品名称	产品货号	特性	典型应用
Endonuclease III (Nth)	14275ES	识别并切除双链 DNA 中受损的嘧啶碱基，产生 AP 位点，在 AP 位点的 3′ 端进行切割，生成带有 5′ 磷酸基团和 3′ 开环糖的切口	单细胞凝胶电泳（彗星实验）、酶切损伤 DNA 的碱洗脱法、酶切 DNA 双螺旋的碱解旋实验
DNase I	10325ES 14549ES 10607ES	Mg²⁺/Mn²⁺存在下随机切割 DNA	RNA 提取过程中的基因组 DNA 去除、反转录前的基因组 DNA 清除、体外转录后模板 DNA 的消化、RNA 建库过程中 rRNA 去除、缺口平移法进行 DNA 标记、DNase I 足迹法分析实验
Thermolabile dsDNase	14544ES	特异性切割双链 DNA 为小片段	反转录前的基因组 DNA 清除
Micrococcal Nuclease	14547ES	降解单链、双链、线状、环状等多种形式的 DNA 或 RNA	染色质免疫沉淀实验
UltraNuclease	20157ES 20159ES	广谱核酸酶，可在链内任意核苷酸间进行切割，将核酸完全消化成2-5个碱基长度的5'-单磷酸寡核苷酸	在病毒纯化、疫苗生产、蛋白和多糖类制药工业作为宿主残留核酸去除试剂、科学研究中降低细胞上清和细胞裂解液的粘度
T7 Endonuclease I	14548ES	切割错配/十字形 DNA，作用错配碱基5' 端	基因编辑效率检测
T4 Endonuclease V	14542ES	特异性切割嘧啶二聚体 DNA	紫外线损伤修复、光复活研究
Endonuclease IV	14543ES	切割氧化损伤/AP 位点 DNA	细胞 DNA 氧化损伤修复、单细胞凝胶电泳（彗星实验）、碱洗脱、碱解旋
Endonuclease V	14274ES	识别 DNA 中的 dI，并切割 dI 的3′端第二个磷酸二酯键	RNA 编辑研究、修饰核酸富集、核酸损伤研究
Endonuclease VIII	14536ES	兼具糖基化酶和 AP 裂解酶活性	NGS 建库修复、含 U 片段克隆
RNase A	10405ES 10406ES 10407ES	特异性降解单链 RNA 的 C 和 U 残基	制备质粒和基因组 DNA、从重组蛋白制剂中去除 RNA、核糖核酸酶保护实验
RNase H	12906ES 14545ES	特异性地水解 DNA/RNA 杂交链上的 RNA 的磷酸二酯键	rRNA 去除、cDNA 二链合成前去除 mRNA、Oligo(dT)与 mRNA 杂交之后去除 poly(A)、RNA 特异位点的剪切
RNase HII	14539ES	识别 DNA-rN-DNA/DNA 双链，在单核糖核苷酸残基处从5’ 端进行切割	LAMP 高灵敏度探针法检测、RNaseHII 依赖性 PCR(rhPCR)、切除聚合酶聚合过程中错配形成的核糖核苷酸、冈崎片段 RNA 部分的降解
限制性核酸内切酶	15001-15300ES	识别并切割双链 DNA 分子中特定核苷酸序列	分子克隆、DNA 甲基化分析、DNA 图谱分析与鉴定、mRNA 质粒模板线性化、DNA 文库构建等

*参考文献

Collins A R, Møller P, Gajski G, et al. Measuring DNA modifications with the comet assay: a compendium of protocols[J]. Nat Protoc, 2023, 18(2): 929-989.

Collins A R, Duthie S J, Dobson V L. Direct enzymatic detection of endogenous oxidative base damage in human lymphocyte DNA[J]. Carcinogenesis, 1993, 14(9): 1733-1735.

Thayer M M, Ahern H, et al. Structure of a trapped endonuclease III-DNA covalent intermediate[J]. EMBO J, 2002, 21(17): 4678-4687.

Cadet J, Davies K J A, Medeiros M H G, et al. Formation and repair of oxidatively generated damage in cellular DNA[J]. Free Radic Biol Med, 2017, 107: 13-34.

Langie S A S, et al. Measuring DNA repair incision activity of mouse tissue extracts towards singlet oxygen-induced DNA damage: a comet-based in vitro repair assay[J]. Mutagenesis, 2011, 26(3): 461-471.