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万亿微生物成法医新“线人”——扩增子测序如何让证据“开口说话”

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2026-07-31

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万亿微生物成法医新“线人”

扩增子测序如何让证据“开口说话”

你有没有想过——案发现场留下的一滴唾液、一块皮肤碎屑,甚至一口呼吸,都能成为锁定嫌疑人的铁证?

这不是科幻片。在第十一届医学家年会上,中国工程院院士刘超带来了一项颠覆性的研究成果:人体携带的万亿微生物,正在成为法医学的“新线人”

当人类DNA“失效”的时候

法医学的核心任务就两件事:个体识别死因鉴定。长期以来,人类DNA是个体识别的“金标准”

但现实远比实验室复杂。

当现场样本降解严重量少到几乎看不见,或者遇到同卵双胞胎时,DNA的解释力会大打折扣。更棘手的是——嫌疑人声称现场留下的“痕量斑迹”只是因为“说话喷溅”而非“暴力接触”。证据怎么定性?

传统方法卡住了。

  万亿“线人”的微观世界  

刘超团队的研究给出了一个全新的答案:微生物

人体微生物的数量,比自身体细胞高出一个数量级。更重要的是,这些微生物携带着惊人的信息。

团队通过对3000多份不同地区、年龄、健康状况的样本进行16S rDNA测序,勾勒出了人体不同体液的 “微生物指纹”

唾液:以链球菌属为主
粪便:以拟杆菌属为主
皮肤:以丙酸杆菌属为主
阴道分泌物和月经血:以乳酸杆菌属为主
精液:含假单胞菌

通过16S rRNA基因全长测序与机器学习,团队对体液类型的识别准确率已提升至98%以上

这意味着什么?即使人体DNA缺失,微生物也能为嫌疑人画出一张精准的“生物画像”

精准拆解“混合斑”  

案发现场的生物检材很少是“纯”的——唾液和汗液混在一起,唾液和精液混合在一起——这就是法医口中的 “混合斑”

传统方法很难将不同来源的成分逐一剥离。但微生物组学能做到

通过16S扩增子测序,不同体液特有的微生物群落被精准识别——像精密的分离器一样,将混合斑中的每一种成分拆解得清清楚楚。唾液里的链球菌、精液里的假单胞菌,各归各位,互不干扰。

微生物记录了你的一生  

更令人惊叹的是微生物的身份溯源能力。

刘超提到,微生物记录了一个人的 “生活史”

你吃过什么——素食者与海鲜爱好者的口腔菌群迥然不同
你住在哪里——广东与青海个体的菌群特征差异显著
你是谁——通过分析皮肤上的痤疮丙酸杆菌单核苷酸多态性(SNP),法医能以97%的准确率锁定特定的个体

你在哪里出生、在哪里长大、最近吃了什么——这些信息都写在你的微生物组里。

  溺死之谜:100年的争议即将终结  

水中尸体的死因鉴定,在过去一百多年里一直是法医学的“老大难”。

“在过去的信访案件中,死因不明的水中尸体相关案件占了近四分之一”刘超坦言

传统硅藻鉴定法存在机制与效率层面的争议,家属对鉴定结果有异议的情况时有发生。刘超团队引入了微波消解膜富集电镜检测硅藻技术,将硅藻检出率提升至接近100%

更重要的是,他们建立了一套严谨的判定标准:通过测量微观藻纹,可以判定硅藻是通过消化道进入(比如吃海鲜)还是通过呼吸道呛入(溺水)。如果是后者,硅藻必须突破肺-血屏障进入肾脏或肝脏——定量化的证据链让结论无可辩驳

更具前瞻性的是溺死地点的精准推断。团队在珠江水系开展了高密度时空分布建模,利用人工智能模型,法医可以将溺死地点锁定在10至25公里的水域范围内。这对于寻找第一现场、还原作案过程具有不可估量的价值

  从实验室到基层:让技术“平民化”  

一项前沿技术如果只能留在顶尖实验室,司法价值将大打折扣

新一代测序虽然精准,但成本高、周期长,难以在基层法医单位普及。刘超团队将海量数据进行 “瘦身” ——筛选出核心标志物,开发出了基于毛细管电泳-PCR技术的简化型鉴识系统

这种 “试剂盒化” 的方案,将高深的基因组学研究转化为基层法医可便捷操作的实用工具。在对400例样本的盲测中,唾液及阴道分泌物的识别准确率依然保持在极高水平

即便在装备条件有限的地区,法医也能通过检测微量微生物,快速判定物证的组织来源,为破案赢得黄金时间

  划重点  

从一滴唾液就能判断来源,从一块皮肤就能锁定个体,从一具水中尸体就能推断溺死地点——扩增子测序正在让法医学发生革命性的变化。

这项技术的核心逻辑并不复杂:16S rRNA基因是细菌的“身份证”,不同体液、不同个体、不同地区的微生物群落各不相同。通过扩增、测序、比对,法医就能从微观世界里读出关键证据

万亿微生物,正在成为法医学最值得信赖的 “新线人” 。它们不说话,但它们的DNA,句句是证词。

扩增子参考实验步骤

1. 样品收集与准备

样品收集:收集待鉴定的中药材样品,包括单一药材或混合中成药。应根据研究目的采集足够数量的样品(建议每个物种至少5个重复个体)。对于形态学鉴定困难的材料,建议由分类学专家进行基原鉴定。

样品处理:新鲜或干燥的组织样品可采用硅胶干燥保存,以抑制DNA降解;对于含多糖多酚类物质的中药材,需采用专门优化的DNA提取方法;对于颗粒状或丸状中成药,应对样品进行充分研磨。

参考样品:建议同时采集基原植物的凭证标本,保存于标本馆,以备后续溯源和验证。

DNA提取:使用商用试剂盒(如MolPure® Mag Plant DNA Kit18529ES,植物通用DNA提取MolPure® Mag Soil/Stool DNA Kit18526ES磁珠法土壤/粪便DNA提取试剂盒),严格按照说明书提取总DNA,并测定DNA浓度和质量(OD260/280在1.8–2.0之间为佳)。

DNA浓度测定:使用qubit定量设备(单通道核酸定量仪80571ES83509ES96通道核酸定量仪80575ES83652ES)搭配qubit试剂(12642ES)测定浓度。

2. 目标片段富集PCR扩增
(注,不同测序平台,扩增引物会有差异)

3. 扩增产物0.9×纯化

1) 准备工作:将Hieff NGS® DNA Selection Beads12601ES

1) 准备工作:将Hieff NGS® DNA Selection Beads12601ES磁珠由冰箱中取出,室温平衡至少30 min,配制80%乙醇。

2) 涡旋振荡或充分颠倒磁珠以保证充分混匀。

3) 吸取 45 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads(0.9×,Beads:DNA=0.9:1)至一轮PCR产物中,室温孵育5 min。

4) 将 PCR 管短暂离心并置于磁力架中分离磁珠和液体,待溶液澄清后(约 5 min),小心移除上清。

5) 保持PCR管始终置于磁力架中,加入200 μL新鲜配制的80%乙醇漂洗磁珠,室温孵育 30 sec后,小心移除上清。

6) 重复步骤5,总计漂洗两次。

7) 保持PCR管始终置于磁力架中,开盖空气干燥磁珠至刚刚出现龟裂(不超过5min)。

8) 直接加入11 μL ddH2O,将PCR 管从磁力架中取出,涡旋振荡或使用移液器轻轻吹打至充分混匀,室温静置5 min。进入下一步反应。

 

磁珠由冰箱中取出,室温平衡至少30 min,配制80%乙醇。 

2) 涡旋振荡或充分颠倒磁珠以保证充分混匀。

3) 吸取 45 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads(0.9×,Beads:DNA=0.9:1)至一轮PCR产物中,室温孵育5 min。 

4) 将 PCR 管短暂离心并置于磁力架中分离磁珠和液体,待溶液澄清后(约 5 min),小心移除上清。

5) 保持PCR管始终置于磁力架中,加入200 μL新鲜配制的80%乙醇漂洗磁珠,室温孵育 30 sec后,小心移除上清。 

6) 重复步骤5,总计漂洗两次。 

7) 保持PCR管始终置于磁力架中,开盖空气干燥磁珠至刚刚出现龟裂(不超过5min)。

8) 直接加入11 μL ddH2O,将PCR 管从磁力架中取出,涡旋振荡或使用移液器轻轻吹打至充分混匀,室温静置5 min。进入下一步反应。

 

4. 电泳检测

1 μL PCR产物进行2%琼脂糖凝胶电泳10208ES,确认目标条带明亮清晰,无非特异性扩增。

5.1 选择二代测序时

二次PCR(添加样品标签与测序接头)

二次PCR加标签:以纯化后的一次PCR产物为模板,使用带Illumina或者MGI接头的引物进行二次PCR扩增13344ES,为每个样品添加独特的index标签,以便混合测序后区分不同样品。

纯化二次PCR产物:再次使用磁珠法纯化加标签后的文库产物12601ES

5.2 选择三代测序时

直接搭配通用建库试剂即可完成三代文库构建(13306ES)。

建库完成后,对文库进行纯化以便后续上机测序12601ES

6. 文库定量、混合与测序

浓度检测:使用qubit定量设备(单通道核酸定量仪80571ES83509ES96通道核酸定量仪80575ES83652ES)搭配qubit试剂(12642ES)测定浓度。

等摩尔混合:将所有样品文库按等摩尔浓度混合,形成最终的测序pool。

高通量测序:将混合文库送检至NGS平台,常用平台包括Illumina NovaSeqMGI T7ONT、Cyclone等测序仪。

7. 生物信息学分析

8. 质量控制与验证

n 阳性对照:在测序数据中确认阳性对照物种是否被正确检出,以评估扩增、建库、测序和数据分析流程的可靠性。

n 阴性对照:阴性对照应无任何OTU/ASV检出。若检出超过10条reads,应判定为污染,需重新评估实验操作流程并剔除污染序列。

n 空白试剂对照:在DNA提取和PCR过程中分别设置空白试剂对照,用于识别试剂引入的外源DNA污染。

n 三重重复实验:对于关键样本建议设置3次重复,以评估实验的可重复性和技术变异性。

 

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实验步骤

产品名称

产品货号

DNA提取

MolPure® Mag Plant DNA Kit
磁珠法通用植物DNA提取试剂盒

18529ES

MolPure® Mag Soil/Stool DNA Kit磁珠法土壤/粪便DNA提取试剂盒

18526ES

COI扩增

Hieff NGS® Multiplex Long PCR Master Mix/ 长片段多重扩增酶

17228ES

二代建库

2× Ultima HF Amplification Mix
高保真DNA文库扩增模块

13344ES

Illumina平台接头

12327~12330ES

MGI平台接头

13350~13353ES

三代建库

Hieff® LongSeq Amplicon End repair and Ligation Module
全长扩增子建库

13306ES

纯化磁珠

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12601ES

Qubit定量

1× dsDNA HS Assay Kit
即用型dsDNA qubit定量试剂

12642ES

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