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基于奥美泰克自动化平台的石蜡白片DNA文库构建方法
基于奥美泰克自动化平台的石蜡白片DNA文库构建方法
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2026-11-06
石蜡白片是临床肿瘤基因组研究的核心样本资源，具有样本存量大、临床随访信息完整的优势，是回顾性疾病机制研究与精准诊疗分析的重要载体。但白片样本经固定、包埋及长期保存后，DNA易出现碎片化、交联损伤与含量偏低等问题，传统人工建库方式操作繁琐、重复性差，易引入人为误差，难以满足高通量、标准化的测序检测需求。为解决上述痛点，本文依托自动化实验平台，优化适配白片临床样本的DNA文库构建流程，规范核酸处理、片段筛选、接头连接等关键步骤。该方法可有效提升文库构建成功率与均一性，降低实验误差，为临床样本高通量测序、基因变异检测及相关医学研究提供标准化、高效的技术支撑。
目的：建立适用于石蜡白片的全基因组重测序自动化建库流程
平台：AMTK iLab-300全自动样品制备系统
样本类型：石蜡白片
下游应用：肿瘤克隆演化与转移溯源、肿瘤驱动基因与变异图谱解析、回顾性预后与生物标志物筛选、肿瘤分子流行病学研究等
建库试剂盒：Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V3/ 兼容Illumina和MGI双平台酶切DNA建库试剂盒V3
货号：12194ES
文库类型：illumina文库，PE150测序
自动化简版流程
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流程分类 |
流程（其他设置默认按12972说明书内容执行，说明书可依据货号在官网搜索下载） |
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1 DNA片段化/末端修复/dA尾添加 |
① 加入样本，样本投入量：250ng （人工定量投入）； ② 进行片段化，片段程序为35℃-15min。 |
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2 接头连接 |
提前将接头从15uM稀释1.5倍（人工），加入片段化产物和连接试剂，进行连接程序孵育。 |
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3 连接产物纯化 |
对连接产物进行纯化，磁珠比例为0.7×； |
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4 文库扩增 |
将纯化产物和扩增试剂混匀，进行扩增程序富余，扩增循环数选择6。 |
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5 扩增产物纯化 |
对扩增产物进行纯化，磁珠比例为0.9×。 |
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6 建库结束 |
建库结束，弹窗提醒人工取走文库。 |
案例结果展示（检测仪器：Qubit 4.0）
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样本类型 |
文库浓度（ng/ul) |
文库片段大小(bp) |
文库体积(ul) |
总产量（ng) |
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白片1 |
110 |
368 |
30 |
3300 |
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白片2 |
83 |
367 |
30 |
2490 |
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白片3 |
57 |
358 |
30 |
1710 |
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白片4 |
46.8 |
356 |
30 |
1404 |
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白片5 |
83 |
360 |
30 |
2490 |
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白片6 |
64 |
353 |
30 |
1920 |
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白片7 |
83 |
364 |
30 |
2490 |
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白片8 |
86.6 |
356 |
30 |
2598 |
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白片9 |
41.8 |
347 |
30 |
1254 |
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白片10 |
98.8 |
361 |
30 |
2964 |
|
白片11 |
52.4 |
351 |
30 |
1572 |
片段大小图（抽检，检测仪器：Qsep）
结论：文库浓度均在40-110ng/uL之间，片段大小在360bp左右，峰型集中，无杂峰，整体浓度和片段大小一致性较好，满足后续上机测序需求。
相关核心产品目录
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应用 |
产品货号 |
产品名称 |
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RNA建库 |
Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V3/ 兼容Illumina和MGI双平台酶切DNA建库试剂盒V3 |
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接头 |
Hieff NGS® Stubby UDI Primer Kit for Illumina®, Set1（1152种Illumina双端唯一接头，板式接头，set1） |
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纯化磁珠 |
Hieff NGS® DNA selection Beads (Superior Ampure XP alternative) DNA纯化分选磁珠 |
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自动化耗材 |
0.2 mL 96孔PCR板，白色，全裙边（NGS，伯乐款） |
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96孔深孔板，U底（1.3 mL) |
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250 μL盒装滤芯透明无菌吸头 |
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荧光定量QPCR压敏封板膜，内附刮板 |
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文库浓度测定 |
1× dsDNA HS Assay Kit 即用型dsDNA qubit定量试剂 |
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Qubit专用检测管 |
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核酸定量仪荧光计Qubit（单通道） |
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核酸定量仪荧光计Qubit（96通道） |
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文库条带大小检测 |
GoldBand 100 bp plus DNA Ladder |
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YeaRed Nucleic Acid Gel Stain (10,000× in Water) YeaRed 核酸染料（10,000× 水溶液） |
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Agarose琼脂糖 |
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1x TAE Buffer，TAE 缓冲液(粉末)，PH 8.0，1L |
