植物样本RNA提取及建库案例
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2026-08-10
实验所用试剂设备清单
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货号 |
产品名称 |
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MolPure® Mag Universal Total RNA Extraction Kit 通用型磁珠法总RNA提取试剂盒 |
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Hieff NGS® mRNA Isolation Master Kit V2 |
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Hieff NGS® EvoMax RNA Library Prep Kit(dUTP) |
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Hieff NGS® DNA selection Beads (Superior Ampure XP alternative) |
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1× dsDNA HS Assay Kit 即用型dsDNA qubit定量试剂 |
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β-巯基乙醇 |
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无水乙醇 |
实验前准备
1.自备设备和试剂:台式离心机、振荡仪、水浴锅或金属浴,RNase-free离心管,β-巯基乙醇、无水乙醇等。
2.实验前在裂解液PL中加入β-巯基乙醇至终浓度为5%,如760 μL裂解液PL中加入40 μL β-巯基乙醇。此裂解液现用现配最佳。
操作步骤
1. 用液氮将植物研磨成粉末,称取50~100 mg粉末至2.0 mL离心管中。加入700~900 μL预配的裂解液PL,再加入20 µL蛋白酶K,涡旋混匀样本,室温放置2~3min。4℃,12,000×g离心3min后取所有上清于1.5 mL离心管中。
2. 加入200 μL分层液SF,手动剧烈振荡15s,4℃放置2~3min。4℃,12,000×g离心5min后取500 μl上层水相溶液提取。(分层液SF能有效去除多糖多酚植物中的多糖、多酚、蛋白质及色素等杂质,提高RNA纯度。)
3. 取步骤2.1的上清溶液于新的1.5 mL离心管中,加入500 µL结合液RB、20 µL磁珠悬浮液,振荡或涡旋7~10min使磁珠吸附核酸。
4. 转移至磁力架上进行磁分离至溶液澄清,吸弃溶液。
5. 加入700 µL洗涤液DW1,涡旋30s后转至磁力架上进行磁分离至溶液澄清,吸弃溶液。
6. 加入500 µL洗涤液DW2,涡旋30s后转至磁力架上进行磁分离至溶液澄清,吸弃溶液。
7. 掌上离心机瞬时离心后,转至磁力架上吸附至溶液澄清,充分吸弃所有溶液。
8. 加入700 μL消化液DR和10 μL DNaseⅠ,涡旋打散磁珠,室温轻柔震荡10~15min(如无震荡仪每3~4min涡旋1次,每次30s)。
9. 转移至磁力架上进行磁分离至溶液澄清,吸弃溶液。
10. 加入700 µL洗涤液DW2,涡旋30s后转至磁力架上进行磁分离至溶液澄清,吸弃溶液。
11. 再次加入500 µL洗涤液DW2,涡旋30s后转至磁力架上进行磁分离至溶液澄清,吸弃溶液。
12. 掌上离心机瞬时离心后,转至磁力架上吸附至溶液澄清,充分吸弃所有溶液,打开管盖,空气干燥3~5min。
注意:乙醇残留会抑制后续的酶反应,所以晾干时要确保乙醇挥发干净。切勿干燥过久,以免影响后续洗脱效果。
13. 加入30~60 µL洗脱液RE,高速涡旋2~3min打散磁珠。
14. 45℃温浴5min,然后高速涡旋60s。
15. 瞬时离心收集管盖液滴至管中,转移至磁力架上进行磁分离。
16. 提取的RNA溶液转移至新的1.5 mL无菌无核酸酶的离心管中,如果不立即使用,请存储于-15~-25℃,长期保存请放置于-70℃或更低的温度。
质检结果—RNA浓度和纯度分析
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编号 |
浓度(ng/μL) |
A260/A280 |
A260/A230 |
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丝瓜叶1 |
792.01 |
2.11 |
2.32 |
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丝瓜叶2 |
493.18 |
2.1 |
2.21 |
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丝瓜叶3 |
501.34 |
2.1 |
2.27 |
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丝瓜叶4 |
370.87 |
2.1 |
2.22 |
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葡萄叶1 |
478.28 |
2.08 |
2.2 |
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葡萄叶2 |
182.60 |
2.05 |
1.95 |
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葡萄叶3 |
237.55 |
2.08 |
2.07 |
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葡萄叶4 |
165.88 |
2.03 |
1.85 |
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葡萄叶5 |
172.57 |
2.02 |
1.88 |
质检结果—RNA完整度分析
RNA文库构建-文库产量和大小分析
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序号 |
1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
6 |
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模板 |
丝瓜叶 |
葡萄叶 |
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建库条件 |
500ng-12 cycles 片段化94℃ 7min,分选0.7x/0.2 |
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12329-Primer |
#249 |
#250 |
#251 |
#252 |
#253 |
#254 |
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文库浓度(ng/μL) |
21.4 |
20 |
26.4 |
26.8 |
34 |
33.2 |
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文库产量(ng) |
428 |
400 |
528 |
536 |
680 |
664 |
实验结论
采用翌圣生物 18613ES 通用型磁珠法总 RNA 提取试剂盒,分别对丝瓜叶、葡萄叶进行总 RNA 提取。通过超微量分光光度计检测 RNA 浓度与纯度(A260/A280、A260/A230 比值),结合琼脂糖凝胶电泳评估 RNA 完整性,并进行转录组文库构建验证。结果表明:所提取 RNA 浓度高、纯度优良、完整性良好,文库产量及片段分布峰形均符合建库预期,可满足后续转录组测序等下游实验需求。
数据来源:上海某大学课题组





