植物样本RNA提取及建库案例

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2026-08-10

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实验所用试剂设备清单

货号

产品名称

18613ES

MolPure® Mag Universal Total RNA Extraction Kit 通用型磁珠法总RNA提取试剂盒

12629ES

Hieff NGS® mRNA Isolation Master Kit V2

12340ES

Hieff NGS® EvoMax RNA Library Prep Kit(dUTP)

12601ES

Hieff NGS® DNA selection Beads (Superior Ampure XP alternative)

12642ES

1× dsDNA HS Assay Kit 即用型dsDNA qubit定量试剂

β-巯基乙醇

无水乙醇

 

实验前准备

1.自备设备和试剂:台式离心机、振荡仪、水浴锅或金属浴,RNase-free离心管,β-巯基乙醇、无水乙醇等。

2.实验前在裂解液PL中加入β-巯基乙醇至终浓度为5%,如760 μL裂解液PL中加入40 μL β-巯基乙醇。此裂解液现用现配最佳。

 

操作步骤

1. 用液氮将植物研磨成粉末,称取50~100 mg粉末至2.0 mL离心管中。加入700~900 μL预配的裂解液PL,再加入20 µL蛋白酶K,涡旋混匀样本,室温放置2~3min。4℃,12,000×g离心3min后取所有上清于1.5 mL离心管中。

2. 加入200 μL分层液SF,手动剧烈振荡15s,4℃放置2~3min。4℃,12,000×g离心5min后取500 μl上层水相溶液提取。(分层液SF能有效去除多糖多酚植物中的多糖、多酚、蛋白质及色素等杂质,提高RNA纯度。)

3. 取步骤2.1的上清溶液于新的1.5 mL离心管中,加入500 µL结合液RB、20 µL磁珠悬浮液,振荡或涡旋7~10min使磁珠吸附核酸。

4. 转移至磁力架上进行磁分离至溶液澄清,吸弃溶液。

5. 加入700 µL洗涤液DW1,涡旋30s后转至磁力架上进行磁分离至溶液澄清,吸弃溶液。

6. 加入500 µL洗涤液DW2,涡旋30s后转至磁力架上进行磁分离至溶液澄清,吸弃溶液。

7. 掌上离心机瞬时离心后,转至磁力架上吸附至溶液澄清,充分吸弃所有溶液。

8. 加入700 μL消化液DR和10 μL DNaseⅠ,涡旋打散磁珠,室温轻柔震荡10~15min(如无震荡仪每3~4min涡旋1次,每次30s)。

9. 转移至磁力架上进行磁分离至溶液澄清,吸弃溶液。

10. 加入700 µL洗涤液DW2,涡旋30s后转至磁力架上进行磁分离至溶液澄清,吸弃溶液。

11. 再次加入500 µL洗涤液DW2,涡旋30s后转至磁力架上进行磁分离至溶液澄清,吸弃溶液。

12. 掌上离心机瞬时离心后,转至磁力架上吸附至溶液澄清,充分吸弃所有溶液,打开管盖,空气干燥3~5min。

注意:乙醇残留会抑制后续的酶反应,所以晾干时要确保乙醇挥发干净。切勿干燥过久,以免影响后续洗脱效果。

13. 加入30~60 µL洗脱液RE,高速涡旋2~3min打散磁珠。

14. 45℃温浴5min,然后高速涡旋60s。

15. 瞬时离心收集管盖液滴至管中,转移至磁力架上进行磁分离。

16. 提取的RNA溶液转移至新的1.5 mL无菌无核酸酶的离心管中,如果不立即使用,请存储于-15~-25℃,长期保存请放置于-70℃或更低的温度。

 

质检结果—RNA浓度和纯度分析

 

编号

浓度(ng/μL)

A260/A280

A260/A230

丝瓜叶1

792.01

2.11

2.32

丝瓜叶2

493.18

2.1

2.21

丝瓜叶3

501.34

2.1

2.27

丝瓜叶4

370.87

2.1

2.22

葡萄叶1

478.28

2.08

2.2

葡萄叶2

182.60

2.05

1.95

葡萄叶3

237.55

2.08

2.07

葡萄叶4

165.88

2.03

1.85

葡萄叶5

172.57

2.02

1.88

 

质检结果—RNA完整度分析

 

 

RNA文库构建-文库产量和大小分析

序号

1

2

3

4

5

6

模板

丝瓜叶

葡萄叶

建库条件

500ng-12 cycles 片段化94℃ 7min,分选0.7x/0.2

12329-Primer

#249

#250

#251

#252

#253

#254

文库浓度(ng/μL)

21.4

20

26.4

26.8

34

33.2

文库产量(ng)

428

400

528

536

680

664

 

   

 

   

实验结论

采用翌圣生物 18613ES 通用型磁珠法总 RNA 提取试剂盒,分别对丝瓜叶、葡萄叶进行总 RNA 提取。通过超微量分光光度计检测 RNA 浓度与纯度(A260/A280、A260/A230 比值),结合琼脂糖凝胶电泳评估 RNA 完整性,并进行转录组文库构建验证。结果表明:所提取 RNA 浓度高、纯度优良、完整性良好,文库产量及片段分布峰形均符合建库预期,可满足后续转录组测序等下游实验需求。

数据来源:上海某大学课题组

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