mNGS病原微生物检测完整解决方案V2.0
近年来，造成人类感染的病原微生物日益复杂，种类增多，抗菌药物滥用致使细菌耐药，病原微生物已成为全球关注的焦点。据WHO统计，在中国，感染性疾病占所有疾病的50%以上。面对重症感染患者，能否快速确认感染病原体，成为后续对症治疗的关键，基于宏基因组新一代测序技术（metagenomics next-generation sequencing, mNGS）为解决这一问题提供了一个可能的突破方向。
mNGS具有不依赖于传统的微生物培养，直接对临床样本中的核酸进行高通量测序，能够快速、客观的检测临床样本中的较多病原微生物的特点。
mNGS的检测流程可以大致分为5个步骤：核酸提取、文库构建、上机测序、生信分析与报告解读。
图1： mNGS检测流程图（Gu W et al. Annu Rev Pathol-Mech.2019.14(1), 319）
Yeasen为 mNGS湿实验部分（核酸提取，文库构建）提供完整解决方案：
解决方案一：核酸提取系列
Yeasen MolPure®柱式核酸提取系列试剂盒采用MolPure® DNA/RNA Column和新型的溶液体系，适用于从各种反应体系样品、多种动植物样本、菌体等复杂样本中高效提取和纯化高纯度、高质量的核酸。可直接用于各种分子生物学实验。
产品特点
1）适用样本广：用于动物组织、血浆、血清、淋巴液、培养上清、分泌物、拭子、粪便、牛奶、尿液等样品；
2）合并提取：同时提取样本的DNA与RNA；
3）提取纯度高：采用硅基质材料的离心吸附柱，可提取纯度高的病毒RNA/DNA，质量稳定可靠；
4）满足多种下游应用：可适用于各种下游应用实验，如酶切、PCR、反转录和RT-PCR、NGS等。
产品性能
1. 分别验证小鼠组织、细菌和粪便中核酸提取的效率，结果显示Yeasen核酸提取效率高于竞品公司。
图2：小鼠组织（左）细菌和粪便（右）DNA提取琼脂糖胶图，A表示Yeasen试剂盒，F、T、O表示竞品公司
产品详情
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产品类型 |
产品名称 |
货号 |
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核酸提取 |
病毒DNA/RNA提取试剂盒 |
MolPure® Viral DNA/RNA Kit |
19321ES |
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组织DNA提取试剂盒 |
MolPure® Cell/Tissue DNA Kit |
18700ES |
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细菌DNA提取试剂盒 |
MolPure® Bacterial DNA Kit |
18806ES |
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粪便DNA提取试剂盒 |
MolPure® Stool DNA Kit |
18820ES |
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解决方案二：DNA文库构建系列
Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit酶切法DNA建库试剂盒，摆脱了繁琐的超声流程，操作简便化，片段化/末修加A可在一步操作中完成，针对不同样本(含FFPE)均可以获得高质量文库，尤其满足病原样本快速建库需求，亦是自动化平台建库的首选。
产品特点
1）实验流程更精简：片段化/末修/加A一步完成，大大缩减建库时间；
2）样本适用范围广：适用于痰液，腹水，脑脊液，FFPE等各类样本；
3）适用场景更广泛：自动化建库平台首选；
4）酶切可控时间长：仅需调整酶切时间即可得到目标片段；
5）耐抑制物能力强：对于复杂样本中的一些抑制物有更好的耐受能力。
性能展示
1. 不同模板的质量不均一，采用不同的酶切时间可获得优质文库。
产品详情
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平台类型 |
方法 |
产品名称 |
货号 |
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Illumina平台 |
DNA酶切法 |
酶切法建库试剂盒 |
Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for illumina |
12204ES |
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配套接头 |
单端接头 |
Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 1,2,3,4 |
12615ES - 12618ES |
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MGI平台 |
DNA酶切法 |
酶切法建库试剂盒 |
Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for MGI® |
13321ES |
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配套试剂 |
环化试剂盒 |
Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI® |
13341ES |
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MGI接头 |
Hieff NGS® Complete Adapter Kit for MGI®, Set 1,2,3 |
13360ES - 13362ES |
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解决方案二：RNA文库构建系列
Hieff NGS® Dual-mode RNA Library Prep Kit是翌圣生物推出针对微量RNA构建试剂盒，可以衔接市面上mRNA纯化试剂盒或rRNA去除试剂盒构。本试剂盒提供的所有试剂都经过严格的质量控制和功能验证，保证了文库构建的稳定性和重复性。
产品特点
1）操作简便：二链合成，末修加A合并为一步，操作更加简便；
2）适用范围广：适用于pg级别的微量样本建库；
3）病原微生物检测：适用于不同来源的病原微生物检测（痰液，肺泡灌洗液，脑脊液等低浓度样本）；
4）产品稳定：不同生产批次间稳定。
性能展示
1.选取来源于不同人体的痰液和肺泡灌洗液提取的RNA样本，经rRNA去除之后进行RNA文库构建，表明低浓度样本亦可高效建库。
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样本信息 |
痰液 |
肺泡灌洗液 |
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RNA |
A1 |
A2 |
A3 |
A4 |
A5 |
B1 |
B2 |
B3 |
B4 |
B5 |
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扩增前浓度 |
0.576 |
0.392 |
0.366 |
0.826 |
0.554 |
0.612 |
0.504 |
0.316 |
0.396 |
0.482 |
|
文库2次纯化后浓度 |
10.8 |
8.26 |
9.32 |
8.64 |
10.8 |
6.70 |
7.3 |
8.9 |
6.0 |
5.08 |
|
产量(ng) |
216 |
165.2 |
186.4 |
172.8 |
216 |
134 |
146 |
178 |
120 |
101.6 |
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提取样本浓度较低，测不出来浓度，且经过rRAN去除 |
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产品详情
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平台类型 |
方法 |
产品名称 |
货号 |
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Illumina平台 |
RNA建库法 |
Hieff NGS® Ultima Dual-Mode RNA Library Prep Kit for illumina® |
12252ES |
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MGI平台 |
Hieff NGS® Dual-Mode RNA Library Prep Kit for MGI® |
13332ES |
解决方案三：文库定量系列
dsDNA Assay Kit for Qubit®是Yeasen开发的专门用于Qubit®荧光仪或荧光酶标仪的试剂盒，线性范围0.2-100 ng，即使在存在ssDNA、RNA和单体核苷酸的条件下，也可以选择性的检测dsDNA，且耐受较高浓度的蛋白质、盐类、洗涤剂等污染物。
产品特点
1）简便：实验操作与原装品牌一致，5min之内出结果；
2）灵敏：准确定量0.2-100ng样本；
3）准确：包含FFPE、cfDNA等样本在内的测试误差均小于10%；
4）稳定：严格批次间稳定性指控。
性能展示
1. 可准确定量dsDNA浓度在0.2-100ng的样本，且不论在低浓度区间（0-1ng）或高浓度区间都能准确定量。测量值与实际值误差：1%-10% ；与原装Life实际定量误差：1%-15%。
图3： dsDNA Assay Kit for Qubit®测试准确性。样品使用标准品，每个测试3个平行，CV≤5%。
产品详情
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产品类型 |
产品名称 |
货号 |
|
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文库定量 |
Qubit定量试剂盒 |
dsDNA HS Assay Kit for Qubit® |
12640ES |
|
1×dsDNA HS Assay Kit for Qubit® |
12642ES |
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qPCR定量试剂盒 |
Hieff NGS® Library Quantification Kit for Illumina®, qPCR Master Mix |
12302ES |
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解决方案四：文库纯化系列
Hieff NGS® DNA Selection Beads基于SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization)原理，配合精心优化过的缓冲体系，可用于二代测序文库构建过程中的DNA片段分选、纯化。操作方式与AMPure XP Beads相同，片段回收效率和文库大小分布亦与AMPure XP Beads高度吻合。
产品特点
1）操作简便：无缝替代XP，实验操作、文库大小和产量与XP完全一致；
2）纯化分选效果优异：纯化回收效率高达90%，精准分选；
3）适用多种样本：适用于FFPE、粪便、gDNA、微生物、血液等样本的纯化与分选；
4）通用性广：兼容各种品牌建库试剂盒；
5）品质稳定：不同生产批次间无差异。
性能展示
1. 相同的分选比例，Yeasen磁珠与XP磁珠分选效果相当。
图4： 磁珠分选精度与XP对比示意图
产品详情
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产品类型 |
产品名称 |
货号 |
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|
磁珠纯化 |
DNA磁珠 |
Hieff NGS® DNA Selection Beads 分选磁珠(完美替代AMPure XP Beads) |
12601ES |
|
RNA磁珠 |
Hieff NGS® RNA Cleaner |
12602ES |
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相关产品推荐
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类别 |
名称 |
货号 |
规格 |
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|
建库模块 |
末端修复/加A |
12605ES24/96 |
24/96 T |
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|
12608ES24/96 |
24/96 T |
||||
|
12609ES24/96 |
24/96 T |
||||
|
连接模块 |
12604ES24/96 |
24/96 T |
|||
|
12607ES24/96 |
24/96 T |
||||
|
扩增模块 |
2×Super Canace® II High-Fidelity Mix for Library Amplification |
12621ES24/96 |
24/96 T |
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|
2×Super Canace®Ⅱ Uracil High-Fidelity Mix for Library Amplification |
12620ES24/96 |
24/96 T |
|||
|
13344ES24/96 |
24/96T |
||||
|
环化模块 |
13341ES16/96 |
16/96 T |
|||
|
接头 |
完整接头 |
12615/6/7/8ES04/16 |
12×4/12×16 T |
||
|
13360ES02/04/96 |
8×2/4/100 T |
||||
|
短接头 |
12611/2ES02 |
48×2 T |
|||
|
12613/4ES02 |
96×2 T |
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磁珠 |
DNA分选 |
12601ES56/75 |
60/450mL |
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|
定量 |
Qubit |
12640ES60/76 |
100/500 T |
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