WGBS还在用超声打断？这款酶破解甲基化DNA片段化难题
全基因组甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS）是表观遗传学研究的核心技术之一，通过亚硫酸氢盐处理将DNA中未甲基化的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），而甲基化的C保持不变，结合高通量测序可实现单碱基分辨率的甲基化图谱绘制。作为检测5-甲基胞嘧啶的“金标准”，WGBS能全面解析基因组范围内甲基化模式的动态变化，为肿瘤发生机制、发育生物学及复杂疾病研究提供关键表观遗传学证据，尤其在肿瘤早筛、细胞重编程等场景中具有不可替代的应用价值。
DNA甲基化参与调控的生物学过程
在全基因组甲基化测序等高精度表观遗传学研究中，DNA片段化是影响数据可靠性的核心环节。然而，传统技术路径存在一些痛点，制约了甲基化分析的准确性与应用场景拓展。
痛点一：机械打断成本高昂且难以实现自动化
传统超声打断依赖高价设备及专用耗材（如打断管、冷却模块），导致单次实验成本居高不下；且操作需人工设置参数（如功率、脉冲时间），难以实现自动化流程。更关键的是，在微量或降解样本（如FFPE DNA）中，样本的损失比较大。
痛点2：常规酶法存在“甲基化修饰陷阱”，导致假阴性结果
市面常规片段化酶虽能实现温和条件下的DNA切割，但在甲基化样本中存在致命缺陷：会修饰5-mC，导致甲基化水平被低估。
解决方案：翌圣生物重磅推出Hieff® UltraShear甲基化片段化酶，专为甲基化设计的酶切体系
产品特点
与传统片段化酶相比，能有效保留DNA甲基化标记，适用于表观遗传学研究。
对模板损伤小，样本损失率低，相比超声法显著提升DNA回收效率。
酶切法替代繁琐的超声打断步骤，无需专业设备，让片段化更简单快速。
支持＞5 ng的动植物、微生物基因组DNA，并特别兼容FFPE等降解样本。
产品性能
不同酶切时间的片段化大小
采用200 ng 293gDNA样本，分别用12218和竞品进行酶切，酶切时间为10 min 、15 min、 25min 、35 min、 45 min ，将酶切体系进行琼脂糖凝胶电泳，结果如图1，展示了不同打断时间获得的平均片段大小。
图1.不同打断时间获得的平均片段大小
甲基化位点占比分析
以293T gDNA、小鼠 gDNA及水稻gDNA为样本，比较了三种DNA片段化方法（常规酶切、超声打断、12218甲基化片段化酶切）对样本甲基化水平的影响。所有样本均采用甲基化双链建库试剂盒（Cat#12214）进行文库构建，并经超快速甲基化转化试剂盒（Cat#12229）处理后，通过Illumina NovaSeq平台进行测序分析，如图2所示：常规酶切试剂会干扰甲基化分析，不适用于甲基化研究，12218甲基化位点占比和超声几乎一致。
图2.常规酶切、超声打断、12218甲基化片段化酶切对样本甲基化水平的影响
评估甲基化片段化酶切和超声打断对样本的损伤
以293T gDNA、小鼠 gDNA及水稻gDNA为样本，比较了两种DNA片段化方法（超声打断、12218甲基化片段化酶切）对样本的损伤程度。所有样本均采用超快速甲基化转化试剂盒（Cat#12229）处理后，并经甲基化单链建库试剂盒（Cat#12221）进行文库构建，通过Illumina NovaSeq平台进行测序分析，如图3所示：超声打断相对12218酶切打断，文库产量会偏低，超声打断的样本损失更大，尤其对于低投入量样本。
图3.超声打断、12218甲基化特异性片段化酶切对文库产量的影响
翌圣生物凭借在甲基化检测原料领域多年深耕的技术积淀，已构建覆盖全流程的甲基化检测整体解决方案：从高效稳定的样本DNA提取试剂，到超快速且转化率优异的甲基化转化试剂盒，再到精准兼容甲基化位点的片段化酶与建库试剂，全方位赋能表观遗传学研究。
产品订购
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产品名称 |
产品货号 |
规格 |
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Hieff® UltraShear甲基化片段化酶 |
12218ES08 |
8 T |
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12218ES24 |
24 T |
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12218ES96 |
96 T |
