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番红O是一种重要且经典的吩嗪类染料，在科研领域常被用作光谱探针和指示剂。该分子具有平面结构和阳离子电荷，易于插入DNA、蛋白质等生物大分子中。番红O对革兰氏阳性菌如金黄色葡萄球菌具有抗菌作用，并可在金属离子浓度测定中作为氧化还原指示剂使用。
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