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Cy3-SE(Sulfo-Cy3 NHS ester)是一种磺化花菁染料衍生的荧光标记试剂，其激发波长(λex)约为515 nm，发射波长(λem)约为568 nm。该试剂可通过其NHS酯基团与生物分子(如蛋白质、核苷单磷酸等)的氨基共价结合，并借助π-π堆积相互作用抑制光异构化过程，从而提高荧光量子产率和延长荧光寿命。
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