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酶切法建库试剂盒,首选翊圣OnePot


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翊圣OnePot系列是针对Illumina®测序平台定向研发的酶切法DNA建库试剂盒,采用高质量片段化酶,摆脱了繁琐的超声过程,同时简化了操作流程,极大的降低了建库的时间和成本。具有优秀的文库转化率与文库扩增效率。


1572921867248229.png

随着NGS技术的高速发展,人们对于效率的要求越来越高,在消耗同等的时间和精力下,人们更愿意选择快速,高效的方法。

超声打断(机械法)是NGS建库中最常用的DNA片段化方法之一(Covaris超声破碎系统),由于该方法过度依赖超声仪器和搭配的实验耗材,再加上耗时较长,被越来越多的客户所放弃。

1572922248525290.png

翊圣OnePot系列酶切法DNA建库试剂盒,摆脱了繁琐的超声流程,操作简便化,针对不同样本(含FFPE)均可以获得高质量文库,是自动化平台建库的首选。

为什么选择OnePot代替机械法建库


、 精简流程

合并建库方法,优化建库流程,手工操作低于0.5h,整体文库构建仅需2h,真正的高效建库。

1568697654964201.png

二、 可控酶切

酶切产物片段大小只与酶切时间有关,简便可控,适用于个性化建库和自动化建库。

1568698202881829.png


三、 兼容FFPE高效建库

1) 适用于不同程度降解的FFPE样本

1572922351271111.png


对应上述样本建库详情

编号

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

Input DNA(ng)

50

50

50

50

50

50

50

50

50

10

10

cycles

8

8

8

8

8

8

8

8

8

10

10

酶切时间

(min)

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

10

浓度(ng/ul)

32ul洗脱

35.6

63.8

23.2

33.8

48.4

53.6

165.6

136.8

104

117.6

136

Total (μg)

1.14

2.04

0.74

1.08

1.55

1.72

5.3

4.38

3.33

3.76

4.35


2)低质量FFPE样本,搭配修复试剂建库效果更佳

1568698144767351.png

四、 适用范围广

适用于不同质量的痰液,腹水等微量建库样本

样本编号

642-痰液

640-痰液

666-腹水

637-腹水

642-痰液

640-痰液

666-腹水

637-腹水

浓度(ng/μl)

16.3

53.0

24.6

8.16

16.3

53.0

24.6

8.16

Input DNA

10 ng

10 ng

10 ng

10 ng

10 ng

10 ng

10 ng

10 ng

酶切时间(min)

13

10

Cycles

9

9

9

9

9

9

9

9

产量(μg)

2.58

1.32

2.44

1.39

2.21

0.91

2.26

1.21

1572922605289322.png

五、 精准的数据检出率

1) 标准品Horizon@HD753的检出率与实际基本无差别

Variant Type

Chromosome Number

Gene

Variant

Expected Allelic Frequency, %

Chr

position

nt D

102panel 1:2

SNV High GC

chr.19

GNA11

Q209L

5.6

19

3118942

A>T

6.13%

SNV High GC

chr.14

AKT1

E17K

5

14

105246551

G>A

4.78%

SNV Low GC

chr.3

PIK3CA

E545K

5.6

3

178936091

G>A

5.23%

Long Insertion

chr.7

EGFR

V769_D770insASV

5.6

7

Exon 20 insertion

GG>GGCCAGCGTGG

4.54%

Long Deletion

chr.7

EGFR

ΔE746 - A750

5.3

7

55242465-55242479

AGGAATTAAGAGAAGC>A

3.52%

Fusion

chr.4:chr.6

ROS1

SLC34A2/ROS1 fusion

5.6

4-6

fusing exon 2 of SLC34A2 to exon 32 or 34 of ROS1 

CTGGXTCTGGAGATCTGGCTGGAGTCCCAAATAA,         CTGGXTCTGGAGATCTGG ATGATTTTTGGATACCA

3.58%

Fusion

chr.10

RET

CCDC6/RET fusion

5

10-10

CCDC6 (EXON1) /RET (EXON12)

TGCGCAAAGCCAGCGTTACCATCGAGGATCCAAAGTGGGAATTC

5.86%

CNV

chr.7

MET

amplification

4.5 copies

7

116312459-116340338


4.4

CNV

chr.2

MYC-N

amplification

9.5 copies

2

16080560-16087129







期望值




实际检测值


2)FFPE DNA标准品(Horizon HD200)

捕获建库,IGT 944K  cancer panel T074V1

OnePot检测到突变率的准确性与Enzymatics相当(*红色标注为更接近预期突变)


clean

all_map_reads

map ratio(%)

Target effective reads

reads capture rate (%)

Dup(%)

Coverage (%)

20%X depth cov(%)

OnePot (with MaxUp II amplification mix)

17716013

17674611

99.7663018

15721075

88.94721926

31.8432

99.9895144

99.48491028

Enzymatics (with KAPA HiFi Readymix)

13805070

13775426

99.7852673

8147070

59.14205484

25.9288

99.9739449

99.68490276

Chromosome

Gene

Variant

Expected Allelic Frequency, %

Original base

Mutant base

Frequency/OnePot,%

Frequency/Enzymatics,%

7q34

BRAF

V600E

10.70%

A

T

11.7180617

10.0371747

4q11-q12

cKIT

D816V

10.00%

A

T

9.798995

25.2446184

7p12

EGFR

ΔE746 - A750

1.90%

GGAATTAAGAGAAGC

-

0.9146341

1.1053541

7p12

EGFR

L858R

2.80%

T

G

3.2357907

3.6181678

7p12

EGFR

T790M

0.90%

C

T

1.0137989

1.6100179

7p12

EGFR

G719S

24.50%

G

A

21.8106996

21.4709913

12p12.1

KRAS

G13D

15.00%

C

T

11.6261398

10.6679035

12p12.1

KRAS

G12D

6.30%

C

T

3.245283

4.0613718

1p13.2

NRAS

Q61K

12.50%

G

T

10.7090465

12.1263395

3q26.3

PI3KCA

H1047R

17.50%

A

G

14.9758454

15.7051282

3q26.3

PI3KCA

E545K

8.80%

G

A

9.798995

15.6359393



市场使用反馈


一、 上海某生物公司X*

实验样本:不同质量的FFPE样本

样本数目:4(两个质量较好,两个质量较差)

实验结论:针对客户提供的2个质量较好样本(样本3/4),建库产量可远高于其预期值,对于质量较差样本(样本1/2),使用12606(H5901150)FFPE样本修复试剂可明显改善其产量,产量均可达客户需求。建议客户针对质量较差FFPE样本使用我公司12606产品进行修复后再行建库以获得更高产量。

Chromosome

Gene

Variant

Expected Allelic Frequency, %

Original base

Mutant base

Frequency/OnePot,%

Frequency/Enzymatics,%

7q34

BRAF

V600E

10.70%

A

T

11.7180617

10.0371747

4q11-q12

cKIT

D816V

10.00%

A

T

9.798995

25.2446184

7p12

EGFR

ΔE746 - A750

1.90%

GGAATTAAGAGAAGC

-

0.9146341

1.1053541

7p12

EGFR

L858R

2.80%

T

G

3.2357907

3.6181678

7p12

EGFR

T790M

0.90%

C

T

1.0137989

1.6100179

7p12

EGFR

G719S

24.50%

G

A

21.8106996

21.4709913

12p12.1

KRAS

G13D

15.00%

C

T

11.6261398

10.6679035

12p12.1

KRAS

G12D

6.30%

C

T

3.245283

4.0613718

1p13.2

NRAS

Q61K

12.50%

G

T

10.7090465

12.1263395

3q26.3

PI3KCA

H1047R

17.50%

A

G

14.9758454

15.7051282

3q26.3

PI3KCA

E545K

8.80%

G

A

9.798995

15.6359393

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二、 上海某生物公司H*

实验样本:人gDNA

样本数目:1(不同Input以及不同酶切时间)

实验结论:1)Input DNA 500 ng/700 ng,PCR 5cycles,未文库产量 3μg左右 (酶切 12 min,文库主峰 300-600 bp;酶切 15min,文库主峰在 300-400 bp)

2)0.78×/ 0.2×双轮分选,文库产量 1 μg左右 (主峰 300 bp,文库范围 250-450 bp),可满足客户实验需求。

实验参数

1

2

3

4

Input DNA

500 ng

500 ng

700 ng

700 ng

酶切时间

12 min

15 min

12 min

15 min

Cycles

5

5

5

5

文库产量(μg)

3.06

3.06

2.98

3.36

3.12

2.91

3

3

分选后产量(μg)

0.88

0.9

0.99

0.96

0.97

1.1

1.00

1.11

 

1572923667813379.png


1572930251118409.png

 

订购详情:

建库试剂盒

产品编号

规格

Hieff NGS® MaxUpⅡ Dual-mode mRNA Library Prep Kit for Illumina®

12300ES24/96

24/96 T

Hieff NGS® Ultima DNA Library Prep Kit for Illumina®

12199ES24/96

24/96 T

Hieff NGS® MaxUpⅡ DNA Library Prep Kit for Illumina®

12200ES24/96

24/96 T

Hieff NGS® OnePot DNA Library Prep Kit for Illumina®

12203ES24/96

24/96 T

Hieff NGS® OnePotⅡ DNA Library Prep Kit for Illumina®

12204ES24/96

24/96 T

Hieff NGS® Fast Tagment DNA Library Prep Kit for Illumina®

12206ES24/96

24/96 T

文库构建磁珠

产品编号

规格

Hieff NGS® cfDNA Clean Beads100~200 bp

12599ES08/56

5/60 mL

Hieff NGS® Smarter DNA Clean beads (50 bp以上)

12600ES08/56

5/60 mL

Hieff NGS® DNA Selection BeadsSuperior AMPure XP alternative

12601ES08/56

5/60 mL

Hieff NGS® RNA Cleaner

12602ES08/56

5/60 mL

Hieff NGS® mRNA Isolation Master Kit

12603ES24/96

24/96 T

建库接头

产品编号

规格

Hieff NGS® 96 Single Index Primer Kit for Illumina®, Set 1/2

12611/12612ES02

48×2 T

Hieff NGS® 384 Dual Index Primer Kit for Illumina®, Set 1/2

12613/12614ES02

96×2 T

Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 1/2

12615/12616ES04/16

12×4/12×16 T

Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 3/4

12617/12618ES04/16

12×4/12×16 T

Hieff NGS® Tagment Index Kit for Illumina®,(96 Index)

12610ES96

96 T

建库模块

产品编号

规格

Hieff NGS® Fast-Pace DNA Fragmentation Reagent

12609ES50

50 T

Hieff NGS® Fast-Pace End Repair/dA-Tailing Module

12608ES24/96

24/96 T

2×Ultima Amplification Mix

12620ES24/96

24/96 T

2×Super Canace®Ⅱ High-Fidelity Mix for Library Amplification

12621ES03/08

24/96 T

Hieff NGS® Dual-Mode cDNA Synthesis Kit

12250ES24/96

24/96 T

文库定量

产品编号

规格

Hieff NGS® Library Quantification Kit for Illumina®, qPCR Master Mix

12302ES05

500 T

Hieff NGS® Library Quantification Kit for Illumina®, DNA Standard (1-6)

12307ES09

6×96 μL

dsDNA HS Assay Kit for Qubit® 

12640ES60/76

100/500 T

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