常用的检测方法为使用特异性抗体，通过荧光灶试验(FFA)、空斑试验或细胞培养半数感染量(CCID50)等来实现，但是这些方法均涉及特异性抗体制备困难、操作复杂且要求高、耗时长、主观性大、通量小等不足，不利于多价疫苗产品的精准配制和生产全过程的质量控制。空斑试验被认为是测定病毒感染性的金标准，但它耗时、劳力密集，且需要每种病毒的适宜细胞系和空斑形成。

相比之下，qPCR是一种简单的、高通量的测定纯化病毒样本中病毒颗粒数的方法。基于核酸的定量检测方法具有试剂材料可及性强、可操作性强、一致性高、耗时短、通量大、结果更加客观等优点，已经成功应用于甲型肝炎、腮腺炎病毒疫苗、AAV基因治疗药物等。

如MSD RotaTeq（口服轮状病毒疫苗）使用的就是基于细胞感染的核酸定量检测方法（qPCR法），但由于疫苗毒株不同，基因序列不同，细胞感染特点也不同，该方法需要针对不同疫苗毒株进行不同设计。

AAV（腺相关病毒）基因治疗药物因其“一次给药，终身治愈”的特点，发展势头的强劲自不必多说，因此AAV药物的质量控制（鉴别，纯度，含量与效价）至关重要。由于其生物学滴度的测定仍很繁琐，不同实验室使用各自的方法和参照，这些都会影响rAAV在临床上的应用，因此qPCR法因其优势在AAV检测中应用更为广泛。