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NGS建库神器 | 转座酶建库全流程拆解,5分钟看懂!

转座现象的发现

转座是指可移动遗传因子(转座子)在基因组内部或不同基因组间随机移动导致的遗传物质重排现象。该现象由Barbara McClintock于1944年在玉米研究中首次发现,其成果获得1983年诺贝尔生理学或医学奖。转座子广泛分布于原核及真核生物中,基因组的非编码区中包含大量转座子。粪肠球菌基因组的25%,果蝇基因组的15%,人类基因组的45%。

 

图1.转座子的发现

 

转座子的分类

逆转录转座子(或称Ⅰ类转座子)
DNA转座子(或称Ⅱ类转座子)

图2.转座子的类型

 

转座的遗传效应

转座子导致基因的编码序列、调控序列发生缺失或者插入突变,从而改变靶基因或者邻近基因的表达。部分转座子中含有强启动子,可以驱动邻近基因的表达。转座子之间的重组还可能导致DNA的缺失、倒转、扩增或者交叉互换,从而影响基因的表达。转座子的复制型转座导致基因组的碱基数量不断增大。部分起源于转座子的重复序列已经演化为基因表达调控因子结合位点、蛋白编码序列、甚至是新的基因。如RAG1基因即起源于Transib超家族的DNA转座子。

 

转座酶建库的原理

转座酶建库的核心原理基于转座酶的“剪切-粘贴”机制,以Tn5转座酶为例,其通过识别转座子末端的19bp嵌合序列(Mosaic End, ME),形成同源二聚体复合体。该复合体在Mg²⁺或Mn²⁺催化下,对双链DNA进行交错切割,产生双链断裂,同时将携带测序接头序列的转座子片段插入断裂位点。此过程将DNA片段化与接头连接整合为一步反应,显著简化传统建库流程。插入后,DNA片段两端形成含部分接头序列的缺口,需通过聚合酶延伸补平,再经PCR扩增引入完整测序接头(如P5/P7)和样本特异性条形码(Index)。转座酶的随机插入特性确保基因组覆盖的广泛性,而其偏好性可通过优化反应条件(如转座酶浓度、DNA片段大小)降低。该技术已广泛应用于全基因组测序、ATAC-seq(染色质可及性分析)及单细胞转录组测序等领域,极大提升了高通量测序的效率与灵活性。

 

图3.转座酶建库原理(网图侵删)

 

转座酶建库特点

  • 建库时间短:10 min内即可同时完成DNA 片段化和接头连接。

  • 操作简便:一步完成片段化和接头连接。

  • 所需DNA 量少:仅需1 ng 样品即可完成建库。

  • 测序数据质量高:均一性和其他质控指标和常规建库一致。

 

转座酶建库的应用场景

  • 全基因组测序(WGS):快速构建文库,适用于大规模人群队列研究。

  • 病原宏基组测序:速度快,满足病原检测周期短的需求。

  • 表观遗传学研究:如ATAC-seq(转座酶可及染色质测序),研究染色质开放性。

 

转座酶建库的流程与传统建库流程对比

步骤

转座酶建库

传统酶切法建库

片段化

DNA片段化 (DNA Tagment)

55°C 10 min终止反应

55°C 10 min(片段化接头连接一步到位)

DNA片段化/末端修复/dA尾添加40 min

接头连接

接头连接 10 min

连接产物纯化

磁珠纯化30 min

磁珠纯化30 min

文库扩增

扩增5-9循环

扩增3-9循环

文库纯化或分选

磁珠纯化30 min

磁珠纯化30 min

图4.转座酶建库实验流程

 

翌圣转座酶DNA建库方案

货号

产品名称

产品特点

搭配产品

13468ES

Hieff NGS® C112P1 Fast Tagment DNA Library

Prep Kit for Illumina® (for 1 ng)

 Illumina平台测序

 适用于 1 ng 的基因组 DNA、cDNA、扩增子(>500 bp)等样本的建库

 低背景菌,适用于病原检测

 接头:12416ES或17265ES

 纯化磁珠:12601ES

12207ES

Hieff NGS® C112P1 Fast Tagment DNA Library

Prep Kit for Illumina® (for 50 ng)

 Illumina平台测序

 适用于 50 ng 的基因组 DNA、cDNA、扩增子(>500 bp)等样本的建库

 低背景菌,适用于病原检测

 接头:12416ES或17265ES

 纯化磁珠:12601ES

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