一、背景介绍
转录组(transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。通过对某一物种的mRNA进行高通量测序,能够在单核苷酸水平对特定物种的整体转录活动进行检测,从而全面快速地获得该物种在某一状态下的几乎所有转录本信息。由于转录组测序可以得到全部RNA转录本的丰度信息,加之准确度又高,使其具有广泛的应用。
转录组测序根据待测样品的物种分为真核转录组和原核转录组。真核生物与原核生物mRNA的结构不同,所以前期富集的方法也有所不一致。
图1. 真核生物与原核生物mRNA 的区别
真核生物mRNA中含有poly-A尾结构,因此可以使用oligo-T修饰的磁珠进行特异性的富集mRNA;而原核生物并不像真核生物mRNA具有poly-A的结构,因此,无法直接利用oligo-T磁珠将mRNA纯化出来,因而原核生物一般来说,可以通过反向富集的方法,即去除Total RNA中rRNA进行目标RNA的富集。之后再通过片段化,逆转录一链合成,二链合成以及末修加A,接头连接,文库扩增等步骤,形成可上机测序的文库。
图2. 翌圣提供不同mRNA富集方法建库解决方案
二、产品推荐
Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit是一款高效RNA文库构建试剂盒,通过流程优化,将二链二成,末修加A等步骤合并为一步完成,大大降低实验操作时间,同时用户可自行选择RNA富集模块进行文库构建。
三、性能展示
(一)rRNA去除反向富集
样本信息:不同DV200 Human FFPE RNA
试剂盒:翌圣:Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Cat#12252)
竞品:N*品牌其他试剂:
rRNA去除:Hieff NGS® MaxUp Human rRNA Depletion Kit (rRNA & ITS/ETS)(Cat#12257)
RNA纯化:Hieff NGS® RNA Cleaner(Cat#12602)
DNA纯化:Hieff NGS® DNA Selection Beads(Cat#12601)
文库定量:dsDNA HS Assay Kit for Qubit®(Cat#12640)
建库接头:Hieff NGS® RNA 384 CDI Primer for Illumina® (Cat#12414)
1.下机数据展示
*DV200 表示样本中大于200nt的RNA 片段所占的比例,对于降解严重的FFPE 样本,DV200值能够更好的反应样本的质量。
2.一致性对比分析
(二)Oligo-dT磁珠富集
样本信息:模式作物拟南芥 RNA试剂盒:
翌圣:Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Cat#12252)
竞品:N*品牌、V*品牌
其他试剂:
mRNA纯化:Hieff NGS® mRNA Isolation Master Kit(Cat#12603)
DNA纯化:Hieff NGS® DNA Selection Beads(Cat#12601)
文库定量:dsDNA HS Assay Kit for Qubit®(Cat#12640)
建库接头:Hieff NGS® RNA 384 CDI Primer for Illumina® (Cat#12414)
1.文库下机数据展示
2.一致性对比分析
四、订购信息
分类 | 名称 | 货号 | 规格 |
rRNA去除试剂盒 | 12257ES | 24/96T | |
12253ES | 24/96T | ||
12254ES | 24/96T | ||
RNA建库试剂盒 | Hieff NGS® Ultima Dual-Mode RNA Library Prep Kit for Illumina® | 12252ES | 24/96T |
13333ES | 24/96T | ||
mRNA建库试剂盒 | Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit for Illumina® | 12301ES | 24/96T |
13330ES | 24/96T |
HB210129