10623ES IVT的反应过程中出现沉淀的原因是什么，怎么优化？
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2026-08-24
内部有研究过这个沉淀，是镁离子、RNA、钠离子和焦磷酸镁的聚合物，且有个凝聚作用，聚团会不断变大（类似的胶状、絮状、颗粒沉淀都是类似原理）， 加水和加EDTA的效果类似也佐证了这个说法。原因：1.Mg离子浓度过高会和焦磷酸聚集形成焦磷酸镁沉淀，但是具有聚合作用，不断地包裹核酸形成胶状物导致产量下降。2.RNA产量较高也会析出沉淀。
这种沉淀的产生是偶然性的，与序列设计也有很大关系。
解决办法：（1）减少镁离子的浓度，但会牺牲产量，需要增加T7酶用量以及延长反应时间（从2h，延长到3-4h）;（2）NTP的存在形式（镁离子浓度高，例如46mM是不会挑NTP的，但当镁离子浓度降低，NTP（Tris盐形式）产量无太大变化，三Na形式的NTP产量下降明显。
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