Q:12204ES、12907ES 和 12609ES 区别与联系?
A:12204 为完整的建库试剂盒,包含片段化模块,连接模块,扩增模块。12609 为片段化模块,可同时进行样本的片段化,末端修复/加A流程。12907 为单酶(原料酶),仅用于DNA 片段化。
Q:12907里面的酶是什么酶?能否作用于RNA?产生的片段末端是平末端还是黏性末端?
A:是一些随机内切酶,作用于dsDNA,产生的末端是黏性末端。
Q:产品使用时能否用单酶搭配机械法流程建库试剂盒,如 12907+12199?
A:可以。实际使用时我们建议购买完整试剂盒(Cat#12204),该试剂盒经过流程的优化可获得优异的建库表现。如果想要购买 12907 搭配其他品牌建库试剂盒,建议片段化之后先进行纯化再接其他品牌建库试剂盒。
Q:酶切模块可否适用 MGI 平台?
A:片段化酶切模块 12907可通用于各类平台
Q:gDNA 片段化参考说明书酶切条件酶切 20 min,竟然切不动?
A:一般优先考虑 DNA 的质量问题,比如 Input DNA 中引入高浓度金属离子螯合剂或其他盐离子,可能会影响酶切效果,建议将DNA 稀释在 ddH2O 或不含EDTA 的 10 mM Tris Buffer (pH 7.5-8.0)中再进行片段化。其次,如果样本是反转录得到的全长cDNA,则需考虑样本纯度问题。另外,对于环状DNA 的酶切,需要另行摸索酶切时间体系。特殊样本可考虑磁珠纯化之后进行酶切或适当延长酶切时间。
Q:酶切时间也不长,竟然过度酶切了?
A:以插入片段 300 bp 为例,白细胞 gDNA,30 度酶切 10min,出现如下图过度酶切现象。建议参考酶切条件需要考虑不同样本gDNA 大小,如白细胞gDNA 较小,应适当缩短酶切时间,否则易出现过度酶切现象。
Q:最低可以切到多小片段?
A:有小片段保护机制,最低可到150bp左右。